Subregnum: Parazoa (kõrvalhulkraksed)
Phylum: Porifera (käsnad)1
Classis: Demospongiae (päriskäsnad)
Classis: Calcarea (lubikäsnad)
Classis: Hexactinellida (klaaskäsnad)
Placozoa
Phylum: Placozoa (plaatloomad)
Classis: Placozoa (plaatloomad)
Subregnum: Eumetazoa (pärishulkraksed)
Cnidaria
Phylum: Cnidaria (ainuõõssed)
Classis: Anthozoa (õisloomad)
Classis: Hydrozoa (hüdraloomad) 2
Classis: Cubozoa (täringmeduusid)
Classis: Staurozoa (karikmeduusilised)
Classis: Scyphozoa (karikloomad)
Ctenophora
Phylum: Ctenophora (kammloomad)
Classis: Ctenophora (kammloomad)
Bilateria (kahekülgsed)
Protostomia (algsuused)
Spiralia
Phylum: Orthonectida (vööttomploomad)
Classis: Orthonectida (vööttomploomad)
Phylum: Rhombozoa
Classis: Rhombozoa
Phylum: Platyhelminthes (lameussid) 3
Phylum: Chaetognatha (harjaslõugsed) 4
Classis: Sagittoidea
Phylum: Rotifera (keriloomad) 5
Classis: Monogononta
Classis: Bdelloidea (usskerilised)
Classis: Seisonidea (vallaspealised)
Classis: Acanthocephala (kidakärssussid)
Phylum: Gnathostomulida (lõugsuud)
Classis: Filospermoidea
Classis: Bursovaginoidea
Phylum: Micrognathozoa 6
Classis: Micrognathozoa
Phylum: Nemertea (kärssussid)
Classis: Anopla
Classis: Enopla
Phylum: Mollusca (limused)
Classis: Caudofoveata 7
Classis: Solenogastres (kõhurennised) 7
Classis: Polyplacophora (soomuslimused)
Classis: Monoplacophora (torbiklimused)
Classis: Bivalvia (karbid)
Classis: Scaphopoda (lasnjalgsed)
Classis: Gastropoda (teod)
Classis: Cephalopoda (peajalgsed)
Phylum: Sipuncula (konuvaglad) 8
Classis: Sipunculidea
Classis: Phascolosomatidea
Phylum: Annelida (rõngussid) 9
Phylum: Tardigrada (loimurid)
Classis: Heterotardigrada
Classis: Eutardigrada
Phylum: Onychophora (küüsikloomad) 10
Phylum: Arthropoda (lülijalgsed)
Subphylum: Pycnogonida (hiidjalgsed) 11
Subphylum: Chelicerata (lõugtundlased)
Classis: Xiphosura (odasabalised) 12
Classis: Arachnida (ämblikulaadsed)
Subphylum: Myriapoda (hulkjalgsed) 13
Classis: Chilopoda (sadajalgsed)
Classis: Diplopoda (tuhatjalgsed)
Classis: Symphyla (harusabased)
Classis: Pauropoda (harvjalgsed)
Subphylum: Crustacea (vähid (+putukad)) 14
Classis: Branchiopoda (lõpusjalgsed)
Classis: Remipedia
Classis: Cephalocarida (pimevähid)
Classis: Maxillopoda (aerjalgsed) 15
Classis: Ostracoda (karpvähid) 16
Classis: Malacostraca (ülemvähid)
Classis: Collembola (hooghännalised) 17
Classis: Protura (tõukjalalised) 17
Classis: Diplura (harkhännalised) 17
Classis: Insecta (putukad) 17
Phylum: Cycliophora
Classis: Eucycliophora
Phylum: Entoprocta, Kamptozoa (kummarloomad)
Classis: Entoprocta, Kamptozoa (kummarloomad)
Phylum: Ectoprocta (sammalloomad)
Classis: Phylactolaemata
Classis: Stenolaemata
Classis: Gymnolaemata
Cycloneuralia
Phylum: Gastrotricha (ripskõhtsed)
Classis: Macrodasyida
Classis: Chaetonotida
Phylum: Nematoda (ümarussid)
Classis: Adenophorea
Classis: Secernentea
Phylum: Nematomorpha (jõhvussid)
Classis: Nectonematoidea
Classis: Gordioidea
Phylum: Kinorhyncha (siilussid)
Classis: Cyclorhagida
Classis: Homalorhagida
Phylum: Priapulida (keraskärssussid)
Classis: Priapulida (keraskärssussid)
Phylum: Loricifera
Deuterostomia (teissuused)
Phylum: Brachiopoda (käsijalgsed) 18
Subphylum: Rhynchonelliformea
Subphylum: Linguliformea
Subphylum: Craniiformea
Subphylum: Phoroniformea (pärgussid)
Phylum: Xenoturbellida 19
Classis: Xenoturbellida
Phylum: Echinodermata (okasnahksed) 20
Classis: Asteroidea (meritähed) 21
Classis: Ophiuroidea (madutähed) 21
Classis: Echinoidea (merisiilikud)
Classis: Holothuroidea (meripurad)
Classis: Crinoidea (meriliiliad)
Phylum: Pterobranchia (sulgpeased) 22
Phylum: Enteropneusta (neelhingsed) 22
Phylum: Chordata (keelikloomad)
Subphylum: Urochordata (mantelloomad)
Classis: Ascidiacea (merituped)
Classis: Larvacea (ripikloomad)
Classis: Thaliacea (meritünnikud)
Subphylum: Cephalochordata (süstikkalad)
Subphylum: Craniata (koljused)
Classis: Myxini (pihklased)
Classis: Cephalaspidomorphi (silmud)
Classis: Chondrichthyes (kõhrkalad)
Classis: Actinopterygii (kiiruimsed)
Classis: Dipnoi (kopskalad)
Classis: Crossopterygii (vihtuimsed)
Classis: Amphibia (kahepaiksed)
Classis: Reptilia (roomajad (+linnud))
Classis: Mammalia (imetajad)
Kommentaarid sellele süsteemi osale, mis puudutab hõimkondi ja kõrgemaid taksoneid.
Siinne süsteem hõimkondade tasemeni on Nielsen, 2001 järgi (joon. 1), kuid mõningate väikeste erinevustega. Esimeseks erinevuseks on selliste hõimkondade nagu Orthonectida, Rhombozoa, Cycliophora ja Micrognathozoa puudumine Nielseni süsteemist. Ta oli need välja jätnud, kuna polnud piisavalt andmeid nende rühmade klassifitseerimiseks. Kõige parem olukord tundub olevat taksoniga Micrognathozoa, kuigi ta on kõige hiljem avastatud. Teiste rühmade positsioon süsteemis on märksa segasem, eriti vaheloomade (Orthonectida ja Rhombozoa) oma. Ma olen nad paigutanud Spiralia alla, kuna selline võimalus on täitsa olemas (Kobayashi et al., 1999). Teine erinevus on see, et ma olen ära jätnud suure osa hõimkonnast kõrgemaid taksoneid võrreldes sellega, mis on Nielseni raamatus. Kolmas erinevus Nielseni süsteemist on see, et keelikloomi on siin käsitletud hõimkonnana. Temal on keelikloomade alamhõimkonnad hõimkonna tasemel ja keelikloomi on käsitletud kõrgema taksonina. Neljandaks erinevuseks Nielsenil on Xenoturbella bocki paigutamine limuste hõimkonda.
Traditsiooniliselt paigutatakse kammloomad ja ainuõõssed radiaalsümmeetriliste loomade (Radiata) hulka, kuid selline rühmitus oleks parafüleetiline bilateraalsümmeetriliste loomade suhtes. Vähem on levinud siinne variant Deuterostomia sensu lato [teissuused laias mõttes, i. e. teissuuste hulka on arvatud ka Phoronida (pärgussid) ja Brachiopoda (käsijalgsed)] (Nielsen, 2001), kui Deuterostomia sensu stricto (teissuused kitsas mõttes, i. e. pärgusse ja käsijalgseid ei käsitleta taksoni Deuterostomia liikmetena).
Nielseni süsteem põhineb morfoloogilistel andmetel. Seoses molekulaarsete andmete (põhiliselt 18S rRNA geeni järjestused) laialdase kasutamisega fülogeneesi uurimisel, on väga populaarseks muutunud Lophotrochozoa-Ecdysozoa hüpotees (vastandudes Spiralia-Cycloneuralia hüpoteesile).
1 - Sclerospongiae "klassi" pole toodud (mida tihti tehakse), sest see on tõenäoliselt polüfüleetiline rühmitus ja need vähesed tänapäeval elavad selle rühma esindajad võivad kuuluda nii lubi- kui päriskäsnade hulka.
2 - siia klassi pannakse vahel ka limaeosloomad (Myxozoa), kuna nende loomade polaarkapslid (polar capsules) sarnanevad väga ainuõõssete nematotsüstidega (kõrverakkudega) ja kuna neil on teatud sarnasusi (parasiitne eluviis) hüdraloomade perekonnaga Polypodium. Limaeosloomade päritolu ainuõõssetest hakati tõsisemalt kaaluma alates 1990. aastate keskpaigast (vt. Kent. et al., 2001), kuigi esimesena kahtlustas seda juba Ðtolc 1899. aastal (Kent. et al., 2001 järgi). Konkureeriv teooria paigutab limaeosloomad hoopis bilateraalsümmeetriliste loomade hulka (Anderson et al., 1998; Okamura & Canning, 2003), kuid mõlema teooria kohaselt tuleb nad kindlalt paigutada hulkraksete loomade hulka, mitte mõnda protistide rühma nagu seda varem tehti.
3 - siia paigutatud taksonid Acoela ja Nemertodermatida ei pruugi teiste hõimkonna liikmetega (Catenulida, Rhabditophora) eriti lähedalt suguluses olla, mistõttu on võimalus, et lameusside hõimkond pole monofüleetiline (e. g Ruiz-Trillo et al., 2002).
4 - see hõimkond paigutatakse vahel teissuuste hulka (e. g. Brusca & Brusca, 2003; joon. 6).
5 - viimasel ajal on ühe rohkem hakatud kidakärssusse keriloomade hõimkonna osana käsitlema. Seda on tehtud ka siin.
6 - 2000. aastal kirjeldatud Limnognathia maerski oli niivõrd omapärane, et ta paigutati hõimkonna Gnathifera (kuhu paigutatakse veel keriloomad, kidakärssussid ja lõugsuud) uude klassi Micrognathozoa (Kristensen & Funch, 2000). Kuna tavaliselt aga käsitletakse Gnathifera klasse hõimkondadena ja molekulaarsed andmed pole üldiselt selle rühma olemasolu kinnitanud (vähemalt mitte selle originaalses tähenduses; Giribet et al., 2004), siis olen ka mina need klassid eraldi hõimkondadena välja toonud.
7 - need kaks taksonit ühendatakse tihti ühte klassi Aplacophora (vagellimused).
8 - Maxmen et al. (2003) järgi tuleks konuvaklade süsteem põhjalikult üle vaadata, kuna nende uurimustöö (kasutati 3 geeni järjestusi) näitas, et peaaegu ükski liigist kõrgem takson pole monofüleetiline.
9 - siia hõimkonda kuuluvad ka kidavaglad (Echiura) ja habeloomad (Pogonophora), kusjuures takson Vestimentifera kuulub omakorda habeloomade hulka. Kidavaklade kuulumine rõngusside hõimkonda siiski päris kindel ei ole. Tavaliselt käsitletakse ketasusse (Myzostomida) rõngussidena, kuid nad ei pruugigi sellesse hõimkonda kuuluda (e. g. Eeckhaut et al., 2000).
10 - mõned autorid peavad seda hõimkonda lülijalgsete alamtaksoniks (e. g. Ax, 1987).
11 - seda taksonit käsitletakse tavaliselt lõugtundlaste klassina.
12 - traditsiooniliselt paigutatakse odasabad ürglõugtundlaste (Merostomata) klassi koos väljasurnud meriskorpionilistega (Eurypterida), kuid üldiselt ollakse seisukohal, et see takson on parafüleetiline (ämblikulaadsed on välja jäetud). Seega olen ma toonud Merostomata klassi asemel klassi Xiphosura, mis on monofüleetiline ja kuhu kuuluvad ka üksikud tänapäeval elavad liigid. Tuleks veel mainida, et odasabade (Xiphosura) positsioon lõugtundlaste süsteemis pole päris selge. Üldiselt käsitletakse neid ämblikulaadsete (Arachnida) sõsarrühmana (kui arvestada ainult veel elavate taksonitega), kuid on kahtlusi ja tõendeid, et nad kuuluvad hoopis ämblikulaadsete hulka (Giribet et al., 2002).
13 - levinud on hüpotees, et hulkjalgsed (Myriapoda) koos vähkide ja putukatega (Pancrustacea) moodustavad rühma Mandibulata, kuid osad uuringud paigutavad hulkjalgsed kokku hoopis lõugtundlastega (Hwang et al., 2001; Mallatt et al., 2004). Üpris kindel on see, et hulkjalgseid ei saa kokku panna putukatega, et neist moodustada takson Tracheata (trahheeloomad), mis oleks ka monofüleetiline. Kahjuks on paljud autorid "taksoni" Tracheata samastanud "taksoniga" Uniramia (üheharused), mis algselt tähistas küüsikloomade (Onychophora) ja trahheeloomade (Tracheata) hõimkonda. Selle väga ebatavalise hüpoteesiga tuli välja Manton (1972, 1977) (Nielsen, 2001 järgi).
14 - mitmed uuringud näitavad, et putukad ja vähid on lähedalt suguluses. Seetõttu on moodustatud putukate ja vähkide klaad Pancrustacea. Kuid, kui putukate ja vähkide vahelisi suhteid veel täpsemalt uurida, siis tuleb välja, et putukad on ülemvähkide sõsarrühm, mis teeb putukatest vähkide siserühma. Kui nii, siis Pancrustacea=Crustacea.
15 - selle klassi staatus on segane. Siia kuuluvad näiteks aerjalalised, lõpushännalised, huulvähilised, vääneljalalised, keelussid. Aerjalgsete (Maxillopoda) klassi alamklasse käsitletakse tihti eraldi klassidena, sest täie kindlusega ei saa veenduda, et nendel alamklassidel oleks ühine päritolu. Mitmed klassi alamtaksonid siiski kipuvad klaade moodustama ja aerjalgsete klassi säilitamine võib olla põhjendatud, kuid ilmselt mitte praeguses koosseisus (Martin & Davis, 2001).
16 - karpvähid pannakse vahel aerjalgsete klassi.
17 - need neli klassi ühendatakse tavaliselt alamhõimkonda Hexapoda (Insecta sensu lato). Kuid hooghännalised (Collembola) ei pruugigi olla lähedalt suguluses teiste kuut jalga omavate lülijalgsetega, mis tähendab, et nad omandasid kuuejalgsuse ja maismaalise eluviisi iseseisvalt (Nardi et al., 2003).
18 - süsteem Cohen (2000) järgi.
19 - siia kuulub ainult üks liik, kes algul paigutati lameusside hulka tema üleüldise sarnasuse tõttu ripsussidega. Tegelikult jäi ta süstemaatline kuuluvus siiski mõistatuseks. 1997. aastal paigutati Xenoturbella bocki ekslikult limuste hõimkonda ja karpide klassi. 2003. aastal näitasid Bourlat et al., et X. bocki kuulub tegelikult teissuuste hulka.
20 - vahel tuuakse okasnahksete hõimkonnas veel eraldi välja klass Concentricycloidea. See klass moodustati 20. sajandi 80. aastatel avastatud okasnahkse Xyloplax jaoks. Kuigi esmakirjeldajad paigutasid selle perekonna eraldi klassi, käsitlesid nad siiski teda meritähtede ühe alamtaksoni sõsarrühmana. Seega lähtudes fülogeneetilisest süstemaatikast tuleks ta paigutada meritähtede (Asteroidea) klassi. Seda on ka tehtud.
21 - need kaks klassi (meritähed ja madutähed) on vahel liidetud klassiks Stelleroidea.
22 - neid kahte hõimkonda kiputakse ühendama ürgkeelikloomade (Hemichordata) hõimkonda, kuid Nielsen (2001) järgi ei ole selleks eriti mingit põhjust. Neelhingsed on suure tõenäosusega keelikloomadega lähedamalt suguluses kui sulgpeastega. Neelhingseid ja keelikloomi ühendatakse klaadi Cyrtotreta (Nielsen 2001).