#Näide 6.1
sagedused=c(214,131)
chisq.test(sagedused)
chisq.test(sagedused,p=c(0.6,0.4))
binom.test(sagedused)
binom.test(sagedused,p=0.6)
sugu=c(rep(c("f","m"),each=20),"f")
table(sugu)

#Näide 6.2
värv=rep(c("valge","must"),c(155+28,59+103))
sugu=rep(c("f","m","f","m"),c(155,28,59,103))
tabel=table(värv,sugu)
plot(tabel)
prop.table(tabel)
prop.table(tabel,1)
prop.table(tabel,2)
margin.table(tabel,1)
margin.table(tabel,2)
chisq.test(tabel)
fisher.test(tabel) #odds ratio

#näide 6.3
aasta=factor(rep(c("1997","2000"),each=4))
sugu=factor(rep(c("f","m","f","m"),each=2))
parasiit=factor(c("ei","jah","ei","jah","ei","jah","ei","jah"))
counts=c(225,24,267,3,196,44,586,10)
mudel1=glm(counts~aasta*sugu*parasiit,poisson)
mudel2=update(mudel1,~. - sugu:parasiit:aasta) #viskame välja kolmese koosmõju
anova(mudel1,mudel2,test="Chi") 
mudel3=update(mudel2,~. - sugu:parasiit) #viskame välja kahese koosmõju
anova(mudel2,mudel3,test="Chi") 
mudel4=update(mudel2,~. - sugu:aasta) #viskame välja kahese koosmõju
anova(mudel2,mudel4,test="Chi")
mudel5=update(mudel2,~. - parasiit:aasta) #viskame välja kahese koosmõju
anova(mudel2,mudel5,test="Chi") 
 
tabel=xtabs(counts~aasta+sugu+parasiit) #risttabeli tegemine sagedustest
mudel1=loglm(~aasta*sugu*parasiit, tabel)
mudel2=update(mudel1,~.-aasta:sugu:parasiit)
anova(mudel1,mudel2,test="Chi") 
#sama asi ainult teise programmi abil

#näide 6.4
x1=c(c(1:12),c(1:12)+0.2)
x2=factor(rep(c("a","b"),each=12))
y=c(0,0,0,0,1,0,1,0,1,1,1,1,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1)
mudel1=glm(y~x1,binomial)
summary(mudel1)
mudel2=glm(y~x1+x2,binomial,contrasts = list(x2="contr.SAS"))
summary(mudel2)

#näide 6.5
sort=factor(rep(c("a","b"),each=10))
tai=c(0,0,1,1,1,1,2,2,2,3,0,1,1,2,2,3,3,3,4,6)
lepa=c(0,0,1,1,1,1,2,2,2,7,0,1,1,2,2,3,3,3,4,12)
mudel1=glm(tai~sort,poisson,contrasts = list(sort="contr.SAS"))
summary(mudel1)
mudel2=glm(lepa~sort,poisson,contrasts = list(sort="contr.SAS"))
summary(mudel2)
mudel3=glm(lepa~sort,quasipoisson,contrasts = list(sort="contr.SAS"))
summary(mudel3)