Statistikapakett R

Tegu on  vabavaraga ja ei vaja seega kasutamiseks litsentsi sobides nii ideaalselt tavakasutajale aga pakkudes samas piisavalt võimalusi professionaalile. R saab endale tõmmata kodulehelt
http://www.r-project.org/
kust vasakult menüüst tuleb valida CRAN, seejärel soovitavalt endale lähedane server (nt Taani http://cran.dk.r-project.org/) ning lõpuks Download and Installi alt oma operatsioonisüsteem (sageli on selleks Windows ja edasine juhend ongi Windowsi kasutajale aga teiste opsüsteemide kasutajad ei tohiks ka selle juhendiga hätta jääda). Viimaks valik BASE ja siis DOWNLOAD R. Samast leiab ka korduma kippuvad küsimused R kohta (R FAQ).

Peale R allalaadimist ja installeerimist võib tööle asuda. Peale programmi käivitamist (Windowsis peitub R ikooni taga programm RGui) avaneb aken koos käsureaga (R Console). Kõikide käskude tulemused väljastatakse samuti selles aknas, on vaid üks tõsisem erand -- graafikud. Need kuvatakse eraldi aknas, mille aktiivseks tegemisel saab menüüst File->Save As valida väga erinevaid formaate, millena graafikut on võimalik salvestada.

Ri kasutamine põhineb nagu ikka aknasse erinevate käskude toksimisel. Enter klahviga saab sisestatud käsud Rile täitmiseks anda. Tavaliselt käib töö Riga nõnda, et kirjutatud programmid salvestatakse tavaliste tekstifailidena eraldi tekstieditoris. Soovi korral saab kasutada ka Ri sisest redaktorit (File->New Script), mille salevstatud tavalised tekstifailid on .R lõpuga.

Kuigi kõike saab teha ise on Ri trumbiks pidevalt täienev valmisfunktsioonide kogum, mis on jagatud pakettidesse (packages). Paketid on tüüpiliselt tekitatud mingil kindlal alusel (nt. ökoloogiliste andmete analüüs või konkreetsest raamatus kasutatud funktsioonid ja andmed). Vaikimisi ei ole enamus R pakettidest installeeritud. Seda saab teha valides (Packages->Install packages) või kirjutades otse

install.packages("paketinimi", repos="http://cran.r-project.org", dependencies=T)  

kus esimene argument peab olema paketi nimi (jutumärkides), mida installeerida soovitakse, teine vailb serveri, kust pakett esmalt tõmmata tuleks, ning viimane määrab, et tõmmata ja installeerida tuleks ka kõik need paketid, mille vahenditest soovitav pakett sõltuv on.

Kui pakett on installeeritud, siis tuleb see ka käivitada (installeerimist tuleb teha üks kord, ent käivitada tuleb iga kord kui R uuesti käivitada) käsuga

library(paketinimi)

Lõpuks tuleb märkida, et paljud asjalikud funktsioonid on juba vaikimisi olemas s.o. iga väikese asja jaoks eraldi paketti tõmmata ja käivitada pole tarvidust.
 
Inglisekeelset materjali Riga esmasel sõbrunemisel võib leida R enda kodulehelt vasakust menüüst Manuals. Üldkasutatavatest funktsioonidest ülevaate andva viitelehe võib leida aadressilt

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

Eestikeelne alustamiseks sobiv abimaterjal on Märt Mölsi loodud dokument Ri sissejuhatus, mille leiab aadressilt

http://www.ms.ut.ee/mart/biomeetria2007/Praks1_SissejuhatusR.pdf
         
Lõpuks veel mõni sõna andmete importimisest ja eksportimisest. Kaks primitiivseimat andmete hoiustamise formaati: tabuleeritud andmed (tab delimited) ja komadega eraldatud andmed (csv) on kergesti eksporditavad/imporditavad (saab manipuleerida ka keerukamate andmesalvestusüksustega nt lugeda andmeid otse exceli tabelist jne, ent lihtsuse huvides neid siin kirjeldama ei hakka).

Käsk

read.csv("C:\\kataloog\\fail.csv") 

eeldab, et esimeses reas on tunnuste nimed, et objekti erinevate tunnuste väärtusi eristavad komad ning et arvu kümendkohti on märgitud punkti abil. Käsu

read.delim("C:\\kataloog\\fail.csv")

eeldused on muidu samad, ainult erinevate tunnuste väärtuste eraldamiseks on kasutatud tabuleerimisklahvi

Mõlemad käsud on erijuhud käsust

read.table("C:\\kataloog\\fail.csv",header = FALSE, sep = "\t", dec = ","),

kus valik header ütleb, kas päises on tunnuste nimed, sep määrab ära tunnuste väärtuste eraldaja (antud juhul tabuleerimisklahv) ja dec määrab ära kümendkoha tähistamise (antud juhul koma). Valikuid on veelgi, nendega saab tutvuda käsu read.table abifaili lugedes.

Salvestamine käib analoogiliselt. Näiteks käsk

write.table(andmed, file="C:\\kataloog\\fail2.csv", sep="," ,dec=".")

salvestab muutuja andmed faili, kusjuures eraldajana kasutatakse koma ja kümendkoha märgendina punkti. 

Lõpuks on otstarbekas märkida ära veel 2 utiliiti, mis Ri kasutajale võivad huvi pakkuda. Esiteks "sas2r", mis võimaldab SASi programmisüntaksi samaväärseks R programmisüntaksiks konverteerida. Teiseks "Rcmdr", mis lisab Ri graafilisele kasutajaliidesele täiendava kasutajaliidese, mis võimaldab statistilise analüüse läbi viia vähem kirjutades ja rohkem hiirega klikkides. SIISKI mõlema paketi puhul kehtib vana tarkus, et sedalaadi programmid kõlbavad traditsioonilisteks olukordadeks. Vähemlevinud asjadega neid tüüpiliselt kasutada ei õnnestu.

Ja veel päris lõpuks paars sõna abi saamise kohta. Google muidugi. Eriti just veateadete korral. Põhjalik helpide lugemine on ka alati kasulik. Aga kui on vaja millegagi päris nullist alustada siis võiks kasutada piiblimõõtu teost: Michael J Crawley -- The R Book (2007). Kuigi Ri võimalused uuenevad suhteliselt kiiresti on alust arvata, et kohapealt minema saamiseks saab sellest raamatust abi küll.