Kirjandusviidete leidmine ja haldamine

 

LTOM.00.009. Teadustöö üldprintsiipide moodul. Kirjutas Peeter Hõrak oktoobris 2006, kohendas oktoobris 2022.

 

Ükski teadustöö ei sünni vaakumis. Seejärel, kui olete juhendajaga kokku leppinud oma tulevase töö teema, on teil vaja endale selgeks teha probleemi hetkeseis, ehk siis – mida on nimetatud küsimuse ja selle küsimuse uurimise meetodite kohta varem avaldatud. Tänapäeval kasutatakse kirjandusviidete leidmiseks peamiselt vastavaid otsingumootoritega varustatud andmebaase. Neid on üksjagu, ülevaate bioloogia alastest võib leida nt. siit.

 

Lähemalt peatume neljal:

 

1. Google'i scholar http://scholar.google.com/

 

Voorused: vabavara, väga operatiivne (kajastab artiklite ilmumist kõige kiiremini) ja jookseb nobedalt. Näitab leitud kirje kohta kohe ära, kas vastav artikkel on täistekstina TÜ-le kättesaadaval (juhul kui teete otsingu TÜ ip-numbriga arvutist või kasutate vastavat käšši. Vaata siit kuidas koduarvutit vastavalt seadistada.) Näitab ära vastavat tööd viidanud artiklid, ja sellega seotud artiklid (s.o., sellised mis kasutavad nimetatud artikliga ühiseid viiteid). Võimaldab viidete väga kiiret ja mugavat eksporti Endnote’i, kui teha vastavad seadistused Scholar’i leheküljel lingilt Scholar preferences. Erinevalt kõigist teistest andmebaasidest näidatakse Scholar’is tihti ära ka lingid mitteametlikele, sh eraisikute kodulehtedele, kust vastavaid artikleid saab alla laadida. Samuti võib leida selliseid viiteid artiklitele, mis ei kajastu üheski teises andmebaasis (nt magistritööd jm väitekirjad, rahvuskeelsed väljaanded jmt). Andmebaas on olnud üleval juba alates 2004. aastast ja on selle aja jooksul väga tublisti arenenud ja usutavasti muutub lähiajal veelgi paremaks. Üks viimaseid uuendusi on, et autorid saavad ise oma publikatsioonid Scholariga siduda. Selliste autorite nimed ilmuvad otsingus allajoonitutena ja seal klõpsates näete vastavate tegelaste kõiki publikatsioone ja bibliomeetriat. Kuna Scholar on ISI WoS’ist palju operatiivsem ja sisaldab rohkem viiteid, on oma publikatsioonide Scholar’iga sidumine muutunud viimaste aastate jooksul teadlaste hulgas äärmiselt populaarseks. Võiks ennustada, et lähitulevikus ületab Scholar populaarsuselt kõik teised andmebaasid. Siinkirjutaja juba eelistabki seda teistele, peamiselt just operatiivsuse tõttu.

 

Puudused: Endnote’i ei õnnestu importida abstracte, lingid täistekstidele ei pruugi alati töötada. Navigeerimise ja otsingute keskkond on üsnagi primitiivne (kuid asi paraneb pidevalt). Ei ole Endnote'ist seespoolselt kasutatav (mis pole iseenesest oluline probleem). Viiteid saab importida vaid ükshaaval.

 

2. Scopus (ametliku nimega SciVerse Scopus) http://www.scopus.com/

 

2004. aastal tekkinud tõsine konkurent ISI WoS’ile, oluliselt professionaalsem, kui Google scholar. Ei ole vabavara, kuid TÜ-le tellitud, seega pole probleeme niikaua, kui kasutate TÜ ligipääsuga arvutist. Kuulub Elsevier’i kirjastuskontsernile. Seetõttu sisaldavad Elsevieri ajakirjades ilmunud artikleid otselinke Scopusesse ja selle viitamisstatistikat.

 

Voorused: võib-olla natuke kiirem kui ISI WoS, näitab ära iga artiklit viidanud artiklid, ja sellega seotud artiklid; tundub et üldotsing on põhjalikumgi, kui ISI WoS'is, võimaldab viidete eksporti Endnote’i ilma ekstra ponnistusteta. Hõlmab väidetavalt rohkem ajakirju kui ISI WoS (sh sisaldab rohkem Open Access ajakirju kui ISI WoS). Seega, katab ka suhteliselt asjalikke ajakirju, mida ISI WoS’is ei refereerita. Sisaldab kõiki MedLine’is viidatavaid ajakirju. Omanike kiidulaulu Scopuse kohta võib lugeda siit. Ainsana referatiivandmebaasidet võimaldab alla laadida korraga mitmete artiklite täistekste. Otsingusüsteem ja –keskkond oluliselt mugavam/käepärasem, kui Scholaris, paljude arvates ka mugavam, kui ISI WoS'is. Viitab ka paberkujul veel ilmumata artiklitele; st (vähemalt mõned) viited ilmuvad rutem, kui ISI WoS’is (samas, teised ilmuvad jälle oluliselt hiljem; tundub et just viimasel ajal on hakanud operatiivsuses ISI WoS’ile kõvasti alla jääma). Võimaldab otsingustrateegiaid salvestada. Otsingutulemused mitut pidi mugavalt sorditavad. Sisaldab edevusevidinaid – võimaldab üsnagi detailselt uurida erinevate persoonide artiklite viitamisi ja h-indekseid. Detailne kasutusjuhend on siin: https://tutorials.scopus.com/EN/BasicSearch/index.html

 

Puudused: ei sisalda paljusid enne 1994 a. ilmunud viiteid (st katab põhjalikumalt artikleid mis on ilmunud alates 1996. a.; täpsemalt vaata katvuse kohta siit); näitab leitud kirje kohta küll lingi kirjastaja kodulehele, kus artikli el. versioon üleval, samas (erinevalt Scholar’ist) ei näita kohe ära, kas vastavale artiklitel on täistekstina juurdepääs ka TÜ-le olemas. See on siiski suhteliselt väike probleem – mõne aja pärast on teile niigi selge, millistele väljaannetele tasuta ligi saate. Ei ole seespoolselt kasutatav Endnote'ist.

 

3. ISI Web of Science (WoS)

 

Vanim ja kuulsaim hästitöötav sellelaadne produkt.

 

Sisenemine: https://www.webofscience.com/wos/woscc/basic-search

 

Voorused: Ilmselt ajas tagasiulatuvalt kõige põhjalikum ja täielikum andmebaas (mis kaetavate ajakirjade arvu poolest jääb siiski alla nii Scholar’ile kui Scopusele). Nagu ka Scopuses, püütakse siingi kasutajasõbralikkust jõudumööda edendada ja uusi vidinaid/mugavusi lisada, isegi otsingukiirus on viimasel ajal paranenud. Kaunis mugav otsingukeskkond, viidatud artiklid, seotud artiklid. Võimaldab viidete eksporti Endnote’i ilma ekstra ponnistusteta. Võimaldab alla laadida korraga mitmeid viiteid, kuid ei võimalda korraga alla laadida mitme artikli täistekste. Võimaldab otsingustrateegiaid salvestada. Tulemused mitut pidi sorditavad. Sisaldab samuti edevusevidinaid – võimaldab üsnagi detailselt uurida erinevate persoonide artiklite viitamisi. On seespoolselt kasutatav Endnote'ist (kuna Endnote kuulub samale Thomson Reutersi kontsernile). Kui kasutate Endnote’ sisemist täistekstide allalaadimise funktsiooni, siis ISI WoS’ist salvestatud viidete täistekstid tulevad kätte palju suurema tõenäosusega, kui Scopusest allalaaditud viidete omad. Youtube õpetusvideosid näeb siin 

 

Puudused: Lingid kirjastaja leheküljele on sageli mittekasutatavad (EBSCO kaudu), nii et isegi juhul kui teate, et nimetatud ajakiri on TÜ-le kättesaadav, ei jõua te sinna kuhu vaja alati ISI'st otse, vaid peate vahepeal minema teile kättesaadavat teed pidi vastava ajakirja kodulehele – väike soovitus – lõigake artikli pealkiri välja ja kopeerige nt. Google'sse jutumärkide vahele, ning õige pea olete pdf’i-juures väljas.

 

 

4. PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

 

Ilmselt molekulaarsete huvidega rohebioloogidele kasulikum, kui ökoloogidele/looduskaitsjatele. Minu isiklikud kogemused napid, küll aga kuulub molekulaarbioloogide igapäevatööriistade hulka.

 

Niipalju kui ma tean, siis:

 

Voorused: Tasuta, kiire. Viitab ka (vähemalt mõnede kirjastuste nagu Elsevier jt) artiklitele, mis on juba elektrooniliselt ilmunud, kuid pole veel omandanud ajakirja aastakäigu, numbri ja lehekülgede andmeid [Epub ahead of print]. Sarnaselt eelpoolnimetatutega viitab seotud artiklitele. Näitab kohe otsingutulemustes ära tasuta saadaval olevad artiklid. Võimaldab otsingustrateegiaid salvestada. Võimaldab jõuda elektroonilise publikatsioonini paremini, kui ISI WoS. On seespoolselt kasutatav Endnote'ist; võimaldab otse PubMed’i seest Endnote’ viiteid eksportida.

 

Puudused: Ei sisalda kogu ISI ökoloogia/zooloogia/botaanika jmt. kallakuga materjali. Viidatud artiklitest näitab (ootuspäraselt) vaid neid, mida on viidatud PubMed’is. 

 

Otsingustrateegiad:  Ülevalt alla ja alt üles

 

Esimese puhul sisestatakse otsingumootorisse huvipakkuvad märksõnad ja asutakse seejärel otsingut kitsendama, niikaua kuni jõutakse hoomatava artiklite arvuni (paarsada kuni paarkümmend), mille sisukokkuvõtted v. vähemalt pealkirjad seejärel läbi vaadatakse.

 

Teisel puhul alustatakse tavaliselt ühest konkreetselt huvi pakkuvast ning oma teemaga maksimaalselt haakuvast artiklist ning vaadatakse läbi 1) seda viidanud artiklid 2) seal viidatud artiklid ja 3) seotud artiklid 4) huvi korral ka teised sama autori/grupi poolt avaldatud artiklid. Alt üles otsinguid saab lisaks üldisematele andmebaasidele teha ka konkreetsete ajakirjade ja kirjastuste lehekülgedel pärast seda kui olete sealt mõne huvitava jutu leidnud. Samas, pange tähele, et sellised ühe kirjastuse sees otsimised ei saa kunagi anda nii täielikku ülevaadet, kui üldandmebaasides otsimised.

 

Mida teha siis, kui artikkel on leitud, aga link ajakirja kodulehelt ei lubata teil juttu alla laadida?

 

1. Tehke kindlaks, kas vastav ajakiri on TÜ-sse või EELNEt konsortsiumi poolt tellitud. Kui on, siis kasutage erinevaid lähenemisteid. http://www.utlib.ee/, sealt -> e-ajakirjad ja e-raamatud ja sealt juba otsing kas alfabeetiliselt või mõne ajakirja nimes esineva sõna järgi. Peagi avastate, et nii mõnelegi ajakirjale on TÜ raamatukogust võimalik ligi pääseda eri portaalide kaudu. Tavaliselt mõni neist ikka töötab. Kui ei tööta, aga selge sõnaga on öeldud, et teid huvitavas ajavahemikus peab see ajakiri TÜ-le kättesaadav olema, siis pöörduge raamatukogu vastavasse osakonda ja paluge abi. Tihti on nii, et raamatukogutöötajad peavad kirjastusi ise tagant torkima, et kõik, mille eest makstud ikka kätte saada. Kui teie neid ei torgi, ei torgi nemad ka edasi. NB! – eelnev jutt kehtib vaid ajakirjade kohta, mis kindlasti on TÜ-sse v EELNEt akadeemilise konsortsiumi kaudu tellitud. Kui te omale vajalikku ajakirja neist nimekirjadest ei leia, siis pole mõtet raamatukogu kaudu probleemile lahendust loota, (v.a. punkt 4).

 

2. Otsing täpse pealkirja v. selle fragmendi järgi nt. Google’s (NB! kasutage jutumärke ja jälgige õigekirja). Suure tõenäosusega võib juhtuda et saate täisteksti kätte autori kodulehelt v. kuskilt mujalt. Kindlasti tasub proovida Scholar’it, mis tavaliselt kohe ära näitab, kas vastav täistekst on kättesaadaval.

 

3. Kui see ka ei aita, siis selgitage välja korrespondeeriva autori e-mail (enamasti saate selle abstractist kätte) ja küsige e-maili teel pdf’i v. paberkoopiat. Klassikaline pöördumine: "Dear Dr/Prof/Colleague ... I would greatly appreciate a pdf/reprint/copy of the following article(s)…”

 

4. Kui see ka ei aita, siis küsige, kas teie juhendaja on valmis välja käima artikli koopia eest  7.70 EUR ja tellige TÜ RVL kaudu 

 

Ja veel – kui selline probleem kimbutab pidevalt mingi konkreetse ajakirjaga, siis veenge oma juhendajat astumaks samme, et vastav ajakiri TÜ-sse tellitaks. Vähemasti enne majandussurutist asi töötas.

 

Veel asjassepuutuvat:

 

Mõttekas on tellida omale e-maili peale enam huvipakkuvamate ajakirjade sisukorrad – seda on enamiku väljaannete kodulehtedelt hõlpus teha.

 

Kui tegu on teid eriti sügavalt erutava artikliga, siis võite endale tellida ka teavituse selle kohta, kui vastavat artiklit viidatakse.

 

Paljud teadlased viitavad oma publikatsioonidele kodulehekülgedel; parimal juhul annavad seal kätte ka allalaaditavad artiklid. See on tihti hõlpus ja ökonoomne viis mingi konkreetse isiku/projekti/grupi tulemuste kiireks ja efektiivseks leidmiseks. Tasub kasutada nt Google'i otsingut "Teadlase nimi" + home  v homepage. Enamasti peaksite sellistesse kohtadesse jõudma ka siis, kui sisestate otsingusse jutumärkides artikli täpse pealkirja.

 

ISI WOS, erinevalt PubMedist ja Scopusest, ei kajasta nn. online early ilmunud artikleid. Seepärast on teaduse viimase sõnaga kursis olemiseks vajalik ka oma kitsamate eriaalaväljaannete kodulehtede regulaarne külastamine ning peatselt ilmuvate artiklite sirvimine. Elsevier'i kirjastuse kodulehelt on ka tavaliste otsingutega leitavad kõik peatselt trükis ilmuvad artiklid, mõned isegi juba päevade jooksul peale aktsepteerimist. Selliste otsingute tegemine on lisaks tavalisele üldandmebaasides sobramisele üldjuhul üsnagi vajalik ja tulutoov tegevus.

 

Artiklid leitud – mis edasi?

 

Oletame, et leidsite esimese hooga 30 teie jaoks asjassepuutuvat artiklit ja lugesite läbi (võib-olla isegi trükkisite välja). Edasiseks on mitmeid võimalusi

 

Üks võimalus on loota oma perfektsele mälule. Asetage artiklid lauanurgale virna, ning kui asute neid oma teadustöös viitama, tuhnige virn läbi ja kontrollige üle mida üks või teine autor on teid huvitava probleemi kohta arvanud. Nimetatud lähenemisviisi puudus on see, et teaduspõllul edenedes peate paratamatult lugema või sirvima üha uusi ja uusi artikleid, nii et virn lauanurgal muutub järjest kõrgemaks ja kukub peagi ümber. Vajaliku viite leidmine sellest hunnikust mälu abil muutub järjest keerukamaks. Esialgu aitab paberkoopiate katalogiseerimine – nt autorite järjekorras. Sellisel juhul on teil vaja mäletada, mida keegi on mille kohta kirjutanud. Võite üritada artikleid ka teemade kaupa eri virnadesse/sahtlitesse/karpidesse süstematiseerida, kuid sellestki ei ole igakord abi – liigitub ju mõni artikkel mitme alateema alla. Kõigi selliste probleemide vältimiseks soovitan teil juba esimestest teaduskirjandusega kokkupuutumistest alates kasutada andmehaldustarkvara. Loetelu sellistest programmidest (millest mõned on vabavaralised) leiate siit:  http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

 

Käesoleval kursusel tutvume viidetehaldamise programmiga Endnote (vers. X.6), mille valisin harjumuse ja suhteliselt laia üleilmse leviku tõttu. Viimane on eriti praktiline, kui kirjutate jutte kahasse kolleegidega teistest asutustest. Paraku, praeguseks on Endnote’ hinnad läinud kaunis krõbedaks – ühe litsentsi maksumus Eestist tellides on > 300 EUR. Hoopis soodsam oleks soetada sedalaadi tarkvara nt USA ülikoolide raamatupoodidest – sealt võib tudengikoopia ca 116 USD-ga kätte saada. Võimaluse korral soovitaksin sellist juhust kindlasti kasutada. Soovijad võivad kaubaga tutvumise eesmärgil Endnote kodulehelt tasuta 20 prooviversiooni 30-ks päevaks alla laadida. Tasub tutvust teha ka Endnote võrguversiooniga (Endnote Basic)., mis on eriti mugavasti kasutatav ISI WOS kaudu Kui mõni kuulajatest omab ja soovib Endnote’ asemel kasutada mõnda muud analoogilist programmi (Reference Manager, ProCite, Zotero, Mendeley etc.) siis talle selles takistusi ei tehta, õpetust aga selle kohta kah ei jagata. Varasem kogemus on näidanud, et vabavaraliste Zotero ja Mendeley’ga on kõik asjahuvilised saanud väga edukalt oma asjad ära aetud. Vastava vabavara kasutamise korraliku selgeksõppimise eest võib isegi kiita saada.

 

Endnote’i  vooruseks on võime salvestada koos viidetega artiklite PDF-faile (alates versioonist X.0) ja suhteliselt loogiline ja mugavastikäsitletav ning kergestiomandatav keskkond, kiired ja mugavad seespidised otseotsingud ISI WoS'ist ja PubMed'ist, ning "cite while you write" süsteem. Versioonist X.6 alates on võimalik teha oma andmebaasi sees ka selliseid otsinguid, mis sisaldavad fraase/märksõnu kirjetega koos salvestatud pdf-failidest. Need omadused ei ole muidugi Endnote' monopol ja leiduvad muudeski kommertspakettides. Kiidulaulu asja kohta võite lugeda siit http://www.endnote.com/ ja lahendustest probleemidele siit http://www.endnote.com/support/faqs/.

 

Mida siis viitehaldustarkvara (reference management software) endast kujutab?

 

Nagu võite aimata, on programmi peamine eesmärk viiteid arhiveerida ja katalogiseerida – st võimaldada neid erinevate kriteeriumide järgi otsides/sortides oma isiklikust andmebaasist kiirelt ja mugavalt leida. Samuti saate viiteid kommenteerida ja endale meelepäraste märksõnade/teemade alusel grupeerida.

Endnote (nagu ka Zotero ja Mendeley) võimaldavad teil viiteid siduda oma arvutisse allalaetud artiklite PDF-failidega - äärmiselt mugav funktsioon, mis on üks viitehaldustarkvara arengu suuremaid saavutusi viimaste aastate jooksul. Veelgi olulisem viitehaldustarkvara funktsioon on võimalus seda kasutada oma artiklite kirjandusviidete vormistamisel. Endnote cite while you write moodul võimaldab artikli kirjutamise käigus sinna oma andmebaasist otse viiteid lisada/otsida ning loob selle käigus automaatselt kasutatud kirjanduse nimekirja. See nimekiri on automaatselt ümberformaaditav mistahes ajakirja nõuetele vastavaks. Viimatinimetatud funktsioon on väga praktiline – võimaldab teil näiteks pärast käsikirja tagasilükkamist mingist ajakirjast seda momentselt teise ajakirja nõuetele vastavaks formaatida.

Loomulikult hoolitseb teie viitehaldusprogramm ka selle eest, kuidas teie poolt leitud viiteid kätte saada/talletada. Nagu juba eelpool öeldud, võimaldab enamik soliidseid ajakirju viidete eksporti (koos abstractiga) oma kodulehelt ja seda ka siis, kui artikli täistekstile teil ligipääs puudub. Lisaks saate hõlpsasti otsingutulemusi alla laadida ka kõigist neljast ülalpoolviidatud andmebaasist. Mugav on Endnote-ga kasutada viidete otsinguks ISI WoS'i ja PubMed'i sest sealsed otsingud saab käivitada Endnote'st otse. Selle kohta, kuidas Endnote’ kasutada on toote koduleheküljel ohtralt videomaterjali.